Atlantyda jest jedną z zagadek trapiących naukowców, którzy nie mogą jak do tej pory jej rozwikłać.  Można by wręcz rzec, że teoria Atlantydy ma więcej przeciwników niż sojuszników. Powód jest oczywisty mało dowodów. Jedyne zachowane zapiski na jej temat pochodzą z ksiąg Platona zatytułowanych "Timajos" i "Kritias". Księgi te powstały w IV wieku przed naszą erą, a legendarna Atlantyda miała istnieć 11-12 tysięcy lat temu. Nie wiadomo, co działo się w międzyczasie? Nie wiemy, ile razy historia tej wyspy była przekazywana, ile razy zmieniana, dostosowywana do potrzeb starożytnych poetów i pisarzy. Sam Platon wiadomości na temat Atlantydy uzyskał podobno od Solona, ten zaś zdobył je od egipskich kapłanów.
Zapiski na temat Atlantydy pojawiają się w mitologii greckiej. Czytamy w niej, że Posejdon, grecki bóg mórz otrzymał tą wyspę od swojego brata Zeusa. Na wyspie tej miała istnieć wysoko rozwinięta cywilizacja. Naród, który zamieszkiwał na tej wyspie wywodził się od Atlasa, który był synem Posejdona. W swoim dziele "Kritias" Platon tak opisuje Atlantydę:

"Posejdon górę, na której mieszkał, ogrodził pięknie i odciął od reszty lądu na około, bo porobił z morza i z ziemi na przemian szereg mniejszych i większych kół współśrodkowych... Te koliste kanały morskie, które otaczały dawną stolicę najprzód połączyli mostami, otwierając w ten sposób drogę na zewnątrz i do królewskiego zamku... Przekopali kanał poczynając od morza... Więc tę wyspę naokoło murem otoczyli, wieże i bramy nad mostami wedle przejść ku morzu wznieśli, a kamień ciosowy dali naokoło-jeden kamień biały, jeden czarny a jeden czerwony... Wykonali równocześnie dwie przystanie dla okrętów wewnątrz...".
Według Platona na Atlantydzie kwitła nauka i sztuka. Na wyspie panowała demokracja, a kobiety podobnie jak mężczyźni miały prawo głosu (już w tak starożytnej cywilizacji istniało równouprawnienie, a w obecnych czasach jeszcze nie wszędzie jest stosowane). Mieszkańcy tej wyspy wykorzystywali energię geotermiczną wulkanu. Istnieją również hipotezy, które głoszą, że wykorzystywali oni energię kryształów. Co do zniszczenia wyspy istnieje wiele teorii. Najbardziej znana głosi, że Atlantyda zatonęła w ciągu doby na wskutek trzęsień ziemi, ruchów tektonicznych i huraganów. Do katastrofy wyspy miała się również przyczynić erupcja wulkanu.
Część naukowców jest zdania, że awaria dziwnych urządzeń, wykorzystywanych na wyspie stała się przyczyną katastrofy. Pojawiają się też teorie głoszące, że wyspa uległa samozniszczeniu.
Poszukiwania Atlantydy trwają już od dziesięcioleci. Tylu ilu naukowców zajmujących się tajemnicą Atlantydy, tyle jej różnych lokalizacji. Według Platona wyspa była dużych rozmiarów i znajdowała się w pobliżu Cieśniny Gibraltarskiej. Istnieją hipotezy, które głoszą, że Atlanyda znajdowała się w legendarnym Trójkącie Bermudzkim. Jest to teoria znanego amerykańskiego jasnowidza Edgara Casey'a. Stwierdził on, że katastrofę Atlantydy wywołała energia kryształów wykorzystywanych na wyspie. Ta sama energia ma być obecnie przyczyną tonięcia statków i samolotów na tym obszarze.
Inne teorie mówią, że Atlantyda to w rzeczywistości Kreta, wyspa na morzu Śródziemnym. W roku 1900 brytyjski archeolog Artur Evans odnalazł w Knossos na Krecie ślady cywilizacji kreteńskiej (minojskiej). Istniała ona II lat temu. Wielu uczonych łączy cywilizację minijską z legendą o Atlantydzie. Cywilizacja ta uległa zniszczeniu ok. 1500 roku p.n.e. Być może przyczyną jej upadku był wybuch wulkanu na wyspie Thera. Wybuch wulkanu musiał spowodować podobny efekt do opisywanego przez Platona. W starożytnym Egipcie istnieją malowidła świadczące o istnieniu kontaktów handlowych z Kretą. Egipcjanie kupowali od kretończyków żywicę, której potrzebowali do balsamowania zwłok. Prawdopodobnie Solon przebywając w Egipcie widział te malowidła, a następnie uzyskane informacje przekazał Platonowi.

W latach 1967-1974 prof. Spiridion Marinatos odnalazł na Therze minojskie miasto Akrotiri.Uległo ono zniszczeniu około 3500 lat temu na skutek erupcji wulkanu. Wśród odnalezionych przedmiotów znajdują się malowidła ścienne, ceramika i wiele innych.
Jeszcze inne teorie łączą Atlantydę z innymi legendarnymi wyspami: Mu i Lemurią. Wyspa Mu miała istnieć na Pacyfiku, od Hawajów aż do Wyspy Wielkanocnej. Histori tej wyspy jest spisana w starych księgach min. w świętej księdze Majów. Wyspy Mu i Lemuria przestały istnieć w czasie zbliżonym do katastrofy Atlantydy. Okoliczności ich zniknięcia są nie do końca jasne. Wielu uczonych uważa, że Atlantyda, Mu, Lemuria to w rzeczywistości jedna wyspa.

Niektórzy uczeni łączą nawet legendarną wyspę z Ameryką Południową i budowlami na dnie jeziora Titicaca a nawet z Antarktydą