Charyzmatyczny ksiądz Flynn usiłuje złagodzić panujące w szkole obyczaje. Robi to wbrew kierującej szkołą zakonnicy – siostrze Aloysius Beauvier (Meryl Streep), która wierzy jedynie w surową dyscyplinę. Kiedy do szkoły zostaje przyjęty pierwszy czarnoskóry uczeń, a jedna z  sióstr zauważa, że ojciec Flynn (Philip Seymour Hoffman)  poświęca mu więcej uwagi niż innym dzieciom, siostra Beauvier rozpoczyna prawdziwą krucjatę, która ma na celu usunięcie księdza ze szkoły. Bez żadnych dowodów, jedynie polegając na własnym przeczuciu, zakonnica podejmuje walkę. Czy ma rację? Czy wolno jej na podstawie niejasnych odczuć oskarżać drugiego człowieka? Czy poznamy w końcu prawdę?

Wątpliwość  jest niesamowitym popisem aktorskim i konstrukcyjnym, pełnym napięcia i niepewności. Starcia znakomitego duetu Hoffman - Streep stanowią esencję całości, wyznaczając skrajne bieguny "prawdy", której poznanie sprawia widzowi nie lada kłopot.

Na ekranie od napięcia wręcz iskrzy, a my wpatrujemy się jak urzeczeni w rozedrgane od uczuć oblicza postaci- apodyktycznej zakonnicy, oskarżonego dobrego księdza, przeżywającej straszliwe rozterki matki. I z każdą kolejną sceną dostajemy kolejny element układanki, a z każdym elementem jesteśmy coraz mniej pewni, czy da się z nich ułożyć jakikolwiek "prawidłowy", czy raczej satysfakcjonujący obraz. Nie wiadomo co jest prawdą, a co iluzją