Głównym bohaterem Prototype jest Alex Mercer, osobnik którego kod genetyczny został zmodyfikowany w wyniku eksperymentu. Dzięki temu Alex nabył możliwość transformacji pozwalającej na zmianę kształtu i przejmowania umiejętności osób, jakie spotyka na swej drodze, co pozwala mu stać się dowolną osobą na ziemi.

Alex to jednocześnie człowiek ścigany przez swoją własną przeszłość, której wcale nie pamięta. Walczy jako najemnik na terenie Nowego Jorku pogrążając się coraz bardziej w skrupulatnie rozsianą teorię spiskową, której skutki mogą zagrozić całemu gatunkowi ludzkiemu